Na podzim roku 1847 slavil Petipa zářivý vstup na petěrburskou baletní scénu jako Premier danseur. Jeho první rolí se stal Lucien d’Hervilly v baletu „Paquita“, jeho partnerkou byla primabalerína Jelena Andrejanova, manželka ředitele Gedeonova. Koncem roku přesídlil do St. Petersburgu i Petipův otec Jean, který až do své smrti roku 1855 učil na Imperiální baletní škole a tvořil i choreografie baletů. Jeho prvním dílem v únoru 1848 byla „Satanella“ (původně dílo Maziliera „Le Diable amourex“ z roku 1840). Marius v něm pomáhal s choreografií a tančil hlavní roli spolu s Andrejanovou. Balety „Paquita“ a „Satanella“ vnesly do St. Petersburgu velké oživení zájmu o balet, který se ještě zvýšil v zimě 1849/1850, kdy do města přijeli Jules Perrot jako první baletní mistr a Cesare Pugni jako baletní skladatel carských divadel. Za účasti obou Petipů se uvedli v prosinci 1849 dílem „Lydia, ou la Laitière Suisse“ a v únoru 1850 „Giselle“.
Další čtyři roky se ale Marius Petipa choreografií nezabýval, plně se věnoval svým tanečním rolím v baletu a opeře. V osobním životě měl v letech 1849/1850 vztah s Francouzkou žijící v St. Petersburgu Marií-Thérèse Bourdin, s níž měl nemanželského syna Maria Mariusoviče Petipu (1850–1919), který se v dospělosti stal známým dramatikem, zrovna tak jako jeho syn Nikolaj Radin. Roku 1854 se Marius Petipa oženil s osmnáctiletou ruskou baletkou Marií Surovščikovou, měli dvě děti – dceru Marii (1857–1930), později slavnou balerínu a módní symbol společnosti, a syna Jeana (1859–1871).
V zimě 1854/1855 se Petipa vrátil k choreografii a vytvořil svůj první samostatný balet v Rusku, divertissement ĽEtoile de Granada, který měl premiéru 21. ledna (dle ruského kalendáře 9. ledna) 1855 v paláci velkokněžny Jeleny Pavlovny, velké podporovatelky baletního umění.
Hudbu složil Cesare Pugni, který se pak na dalších patnáct let stal hlavním hudebním spolupracovníkem Petipy. Ve druhé polovině padesátých let Marius Petipa zůstával hlavním sólistou carského baletu, ale zároveň pravidelně pokračoval v uvádění svých děl, kde i sám tančil a jako sólistka se prezentovala většinou jeho manželka Marie Surovščikova. V říjnu 1857 byla uvedena La Rose, la Violette et le Papillon (hudba princ Petr Georgijevič Oldenburg), v lednu 1858 se Petipa podílel na přípravě Le Corsaire, pak již samostatně uvedl v prosinci 1858 Un Mariage sous la Régence (hudba opět Cesare Pugni, jakož i všechna další díla), v únoru 1859 La Carnaval de Venise, v dubnu 1859 Le Marché de Paris, v prosinci 1859 obnovil dílo od Aumera La Somnambule, opět nové dílo Le Dahlia bleu uvedl v dubnu 1860 a v listopadu 1861 Terpsichore. Za vynikající vystupování v těchto baletech se Marie Surovščikova stala primabalerínou. Na jaře 1861 Marius Petipa s manželkou odjeli na čas do Paříže a s úspěchem představili balet z roku 1859 pod pozměněným názvem Le Marché des innocents.
Po roce 1858 se choreograf Jules Perrot vrátil do Francie a Petipa doufal, že obsadí jeho místo prvního baletního mistra. Ale ještě se nedočkal. Po určitém váhání se ředitelství carských divadel rozhodlo pro tehdy slavného jiného francouzského choreografa Arthura Saint-Léona, který přicestoval do St. Petersburgu na jaře 1860. Zásadní úspěch pro Petipu se ale blížil. Koncem roku 1861 ho režisér imperiálního divadla Andrej Saburov požádal o urychlené vytvoření baletu pro končící primabalerínu Carolinu Rosati. Za šest týdnů Petipa a Pugni vytvořili na scénář Julese-Henriho Vernoye de Saint-Georgese balet na motivy příběhu ze starověkého Egypta pod názvem Faraonova dcera (La Fille du Pharaon). Exotický příběh s bohatou scénou a krásnou melodickou hudbou zaznamenal obrovský úspěch a stal se vůbec nejhranějším baletem celé Petipovy éry (do roku 1903 dvě stě tři představení, dnes je ale bohužel prakticky neznámý). V premiéře 30. ledna (dle ruského kalendáře 18. ledna) 1862 Petipa ještě sám ve třiačtyřiceti letech tančil hlavní mužskou roli. Za grandiózní ohlas získal pozici druhého baletního mistra.
Po celá šedesátá léta pak trvala zdravá konkurence Petipy a Saint-Léona, oba se představovali krásnými díly, měli své příznivce a hlavní sólistky – zatímco u Petipy se většinou prezentovala jeho manželka Marie, u Saint-Léona Marfa Muravjeva. Ale hlavního skladatele měli společného – Cesare Pugniho. V únoru 1863 Petipa obnovil balet Le Corsaire, v prosinci stejného roku vytvořil nový La Belle du Liban, ou L’Esprit des montagnes. V dubnu 1864 následoval balet s názvem Cestující tanečník. V listopadu 1865 obnovil původně Perrotův balet La Danseuse en voyage. V roce 1866 následovala dvě představení – v lednu Florida a v listopadu Titania (opět sponzorována od velkokněžny Jeleny Pavlovny). Další dva Perrotovy balety obnovil Petipa roku 1867, na jaře La Naïade et le Pêcheur a na podzim Faust. 6. února (dle ruského kalendáře 25. ledna) 1868 měla premiéru zásadní obnova baletu Le Corsaire s doplňující hudbou Pugniho a slavnou scénou Le Jardin animé, v titulní roli Medory zazářila hostující Adèle Grantzow.
Hned v dubnu následoval kratší balet L’Amour bienfaiteur. Grandiózní úspěch zaznamenal v té době ale hlavně Petipův balet z podzimu 1868 Le Roi Candaule, samozřejmě na hudbu Pugniho a s hostující Henriettou ďOr. Za Petipovy éry do roku 1903 se držel na druhém místě za Faraónovou dcerou se sto devadesáti čtyřmi představeními, bohužel dnes opět zapomenut. Ještě s Pugnim vznikl na jaře 1869 balet ĽEsclave, na podzim ale začíná Petipova spolupráce s dalším významným baletním skladatelem Ludwigem Minkusem. Hned jejich první dílo pro moskevský Bolšoj těatr zaznamenalo trvalý úspěch. Balet Don Quijote s primabalerínou Annou Soběščenskou měl premiéru 26. prosince (dle ruského kalendáře 14. prosince) 1869 a stal se jedním z nejhranějších klasických baletů až do dnešní doby. Za měsíc – 6. února (dle ruského kalendáře 25. ledna) 1870 uvedl v Moskvě Petipa další balet Trilby, na hudbu Julia Gerbera.
V roce 1870 krátce po sobě zemřeli dva významní baletní protagonisté, 2. února v St. Petersburgu Cesare Pugni a 2. září v Paříži Arthur Saint-Léon. Petipovi a Minkusovi se tak uvolnila cesta na jejich pozice, 12. března 1871 se Petipa stal oficiálním prvním baletním mistrem (premier maitre de ballet) a koncem roku Minkus baletním skladatelem petěrburských imperiálních divadel.
Ještě na Pugniho hudbu uvedl Petipa v listopadu 1870 původní Perrotův balet Catarina ou la Fille du bandit. Poslední nový balet na připravenou Pugniho hudbu byl Les Deux étoiles v lednu 1871 (poté v březnu 1878 přenesený do Moskvy). V stejném měsíci prezentoval Petipa v St. Petersburgu svůj balet Trilby z Moskvy, na podzim pak s Minkusem připravili novou verzi Dona Quijota pro petěrburské divadlo. V lednu 1872 uvedl Petipa slavný romantický balet La Péri, v listopadu pak nové dílo La Camargo na Minkusovu hudbu. Pro příštích patnáct let se poté stal Minkus hlavním hudebním skladatelem Petipových baletů, nejen nových, ale i úprav starších děl.
V první polovině sedmdesátých let prožíval Petipa i zásadní osobní změny. Jeho manželství s Marií Surovščikovou se ocitlo v krizi a roku 1875 se oficiálně rozešli. Již předtím, roku 1873, navázal Petipa vztah s jinou baletkou, o mnoho let mladší Ljubou Leonidovnou Savitskou (1854–1919). V roce 1874 s ní měl první dceru Naděždu (1874–1945), potomní baletku, po rozvodu si ji vzal roku 1876 za manželku a měli ještě pět dětí – Jevgeniji (1877–1892), Victora (1879–1939), Ljubu (1880–1917), Marii (1884–1922) a Věru (1885–1961). I kvůli těmto rodinným záležitostem nebyl Petipa nikdy příliš bohatým člověkem, i když na jeho plat vydávala carská pokladna slušné částky. Marius Petipa si zachovával vždy vyrovnané finance, pečlivě sledoval své osobní i divadelní výdaje. Na druhou stranu se často choval velkoryse, pravidelně nosil různé dárky svým dětem a později vnukům, v divadle byl známý svými objednávkami čajů a jídel pro baletní sbor během náročných zkoušek.
Společná práce s Minkusem v sedmdesátých letech pokračovala. V roce 1874 uvedli dva revidované balety, v lednu Le Papillon (původně Taglioni) a v říjnu La Naïade et le Pêcheur (původně Perrot). Následovaly Les Brigands v lednu 1875, Les Aventures de Pélée v lednu 1876 (v tomto baletu vystoupila v jedné z hlavních rolí Ljuba Savitska) a Le Songe d’une nuit d’été v červenci 1876. Poté v lednu 1877 se na scéně objevil balet La Bayadère, balet, který všechny své současníky přežil do dnešních dnů a stal se jedním ze stěžejních děl klasického repertoáru. Zaslouženou pozornost vzbudila hlavně scéna Království stínů, která patří k vrcholům Petipova života. V hlavní roli zazářila primabalerína Jekaterina Vazem, která byla i první sólistkou dalších Petipových baletů na sklonku sedmdesátých a počátkem osmdesátých let.
O rok později, v únoru 1878, následoval balet Roxana, la beauté du Monténégro. Na sklonku téhož roku Petipa načas přesídlil do Moskvy a uvedl zde balet Ariadne na hudbu Julia Gerbera. V dalších baletech pokračoval opět v St. Petersburgu s Minkusem, v lednu 1879 La Fille des Neiges, v březnu 1879 Frisac, ou La Double Noce, v prosinci 1879 Mlada (velmi krásný a úspěšný balet, bohužel opět dnes prakticky neznámý). V březnu 1880 oba obnovili původní Taglioniho a Adamovo dílo La Fille du Danube a v listopadu proběhla již třetí Petipova obnova baletu Korzár. V roce 1881 následoval v únoru nový balet Zoraia, ou la Maure en Espagne a v říjnu obnova baletu La Vivandière (Markitenka), původně od Saint-Léona a Pugniho. Počátkem roku 1882 přišla velká obnova Paquity s doplněním slavného Grand pas classique a Pas de trois a o měsíc později obnova Saint-Léonovy Paquerette.
Na jaře 1883 Petipa a Minkus inscenovali v Moskvě na korunovaci cara Alexandra III úspěšné představení La Nuit et le Jour. Na hudbu prince Nikolaje Trubeckého vznikl na závěr roku 1883 Petipův další balet Pygmalion, ou La Statue de Chypre. V roce 1884 provedli Petipa a Minkus opět dvě velké obnovy, na jaře Giselle a na podzim Coppélie. I v dalším roce 1885 následovaly obnovy, v lednu Le Diable à quatre (La femme capricieuse), v listopadu Faraónova dcera se slavnou primabalerínou Virginií Zucchi a koncem prosince známá La Fille mal Gardée, opět se Zucchi. Při práci na posledně jmenovaném baletu se poprvé prezentoval jako Petipův spolupracovník Lev Ivanov. Petipa musel předávat část své práce Ivanovovi hlavně ze zdravotních důvodů, začal totiž jeho letitý problém s kožními onemocněními závažným ekzémem. Utrpení z této nepříjemné nemoci pronásledovalo stárnoucího choreografa do té míry, že se musel vždy na několik týdnů stáhnout do soukromí.
Péčí cara Alexandra III. a jeho divadelního ředitele Ivana Vsevoložského bylo v St. Petersburgu přebudováno nové hlavní divadlo – Imperiální Mariinské divadlo, postavené sice již v letech 1859/1860, ale dosud zůstávající ve stínu staršího Imperiálního velkého kamenného divadla, které bylo Vsevoložským shledáno za již nevyhovující. Při otevření nové hlavní scény se v únoru 1886 dávalo i Petipovo a Minkusovo nové dílo Les pilules magiques. Rozhodnutím ředitele ale zanedlouho poté Minkus končí ve své funkci baletního skladatele carských divadel, Vsevoložský ji zrušil. Petipa tedy od té doby musí spolupracovat s novou plejádou hudebních skladatelů. Ještě v rámci oslav nového Mariinského divadla inscenoval kratší balet ĽOrdre du Roi, do něhož Albert Vizentini aranžoval hudbu Strausse, Delibese, Aubera a Masseneta. V té době se novým šéfdirigentem baletu stává italský hudebník Riccardo Drigo, který se poté na dlouhou dobu podílí na hudebních doplňcích k baletům i je tvůrcem nových děl.
Velká díla Petipy pokračovala i po změnách roku 1886, jeho zdravotní stav se opět zlepšil. V červenci toho roku vytvořil Petipa ještě s Minkusem kratší balet pro carskou rodinu ĽOffrande á ľAmour, v prosinci obnovil původní Perrotovo a Pugniho dílo La Esmeralda, opět s Virginií Zucchi a Drigovým doplňkem Pas de six.
Na jaře 1887 uvedl Petipa svou druhou obnovu Giselle, tentokrát s Emmou Bessone, a v prosinci revidoval Saint-Léonův a Minkusův balet Fiametta. Kolosální velký balet La Vestale spatřil světlo světa v únoru 1888, hudbu k němu napsal Michail Ivanov. Podobně velký balet Le Talisman na hudbu Riccarda Driga vytvořil Petipa o rok později, v lednu 1889. V obou se prezentovala primabalerína Elena Cornalba. Oba balety ale postihl smutný osud zapomnění. Naopak mnohem větší štěstí měl velkolepý balet následujícího roku, Spící krasavice. Toto mistrovské Petipovo dílo je také jeho jedinou přímou spoluprací s hudebním skladatelem Petrem Iljičem Čajkovským. V baletu uvedeném v lednu 1890 se v hlavních rolích předvedli Carlotta Brianza, Pavel Gerdt a Marie Petipa. Během dlouhých příprav na Spící krasavici stihl Petipa v létě 1889 ještě dva kratší balety pro carskou rodinu Les Caprices du papillon (hudba Nikolaj Krotkov) a La Forêt enchantée (hudba Riccardo Drigo, původně práce Ivanova pro baletní školu, Petipa ji zásadně předělal).
Počátkem devadesátých let vytvořil Petipa dva nové menší balety, Nénuphar v listopadu 1890 na hudbu Nikolaje Krotkova a Kalkabrino v únoru 1891 na Minkusovu hudbu (bylo to poslední dílo Minkuse v Rusku, poté se definitivně vrátil do rodné Vídně). Na jaře 1891 Petipa připravil baletní vystoupení studentů baletní školy Un conte de fées, v prosinci obnovil svou úspěšnou inscenaci Le Roi Candaule. Začátkem roku 1892 ještě Petipa uvedl obnovené nastudování Taglioniho a Schneitzhoefferovy La Sylphide. Když ale poté chtěl začít pracovat na dalším baletu s hudbou Čajkovského, na Louskáčkovi, vrátila se mu těžká kožní choroba a v důsledku bolestí a svědění byl ochromen na dobu pomalu dvou let. Louskáček uvedený na scénu v prosinci 1892 je tedy dílem z velké části Ivanova, Petipa jen dohlížel na základní věci. Podobně o rok později, v prosinci 1893 na hudbu barona Borise Fitinhof-Schella uvedená Popelka (Zolushka) je prakticky dílem opět Ivanova a Enrica Cecchettiho. V Popelce debutovala v St. Petersburgu další italská primabalerína Pierina Legnani a ohromila 32 fouettés en tournant. Legnani se stala na dalších osm let oblíbenou Petipovou primabalerínou a soupeřila s druhou tehdejší „hvězdou“ Matildou Kšesinskou, která zase udržovala velmi osobní vztahy s carevičem a poté carem Nikolajem II. Zpočátku Petipa plně preferoval Pierinu Legnani, poté od poloviny devadesátých let postupoval většinou tak, že Legnani obsazoval do hlavních rolí svých nových originálních baletů, zatímco Kšesinskou do hlavních rolí obnovených nastudování.
Marius Petipa se plně vrací na scénu po překonání nemocí až počátkem roku 1894. První jeho prací bylo další obnovené nastudování Coppélie s Pierinou Legnani v únoru 1894. Další jeho originální dílo patří k nejlepším. Balet Le Réveil de Flore na hudbu Driga je sice kratší, byl vytvořen pro svatbu dcery cara Alexandra III. velkokněžny Xenie, ale úspěch měl velkolepý. V červenci 1894 byl prezentován v Peterhofu, v lednu 1895 přenesen do Mariinského divadla.
V stejném měsíci, v lednu 1895, mělo premiéru obnovené nastudování baletu Labutí jezero, baletu, který se měl poté ve dvacátém století stát vedle Louskáčka nejhranějším baletním klasickým dílem vůbec. Původní dílo z Moskvy (1877 v choreografii Reisingera) nebylo příliš úspěšné a až po smrti Čajkovského se nového nastudování roku 1894 ujali Ivanov, Petipa a hudebně Drigo a Modest Čajkovskij. Tato verze se pak dostala na světové scény. Prvními interprety hlavních rolí byli Pierina Legnani a Pavel Gerdt.
Druhá polovina devadesátých let byla pro Petipu dalším „zlatým“ obdobím. V listopadu 1895 revidoval svůj Le Talisman a o měsíc později uvedl obnovené nastudování La Tsar-Demoiselle podle Saint-Léonova a Pugniho Malého hrbatého koně. Rok 1896 začal Petipa novým baletem La Halte de la cavalerie na hudbu Johanna Armsheimera, na jaře pak přesídlil do Moskvy, kde pro korunovaci cara Nikolaje II a carevny Alexandry připravil velmi úspěšnou inscenaci La Perle na hudbu Driga, a ještě úspěšnější byl v prosinci jeho další nový balet Barbe-Bleue na hudbu Petera Schencka, opět v Mariinském divadle, kde představitelé hlavních rolí Pierina Legnani a Pavel Gerdt sklízeli obrovský aplaus. V červenci 1897 pozměnil Petipa svůj balet Les Aventures de Pélée z roku 1876 pod názvem Les Noces de Thétis et Pélée, Minkusovu hudbu doplnil Drigo. Poté spolu se skladatelem Alexandrem Glazunovem zahájil práce na grandiózním baletu Raymonda, uvedeném na scénu v lednu 1898. V hlavní roli samozřejmě vystoupila Pierina Legnani. Raymonda je dalším z Petipových baletů, který přežil do dnešních dnů.
Po Raymondě následovala série obnovených nastudování, které platí jako Petipovy definitivní verze pro tato díla. V listopadu 1898 to byla Faraónova dcera, v lednu 1899 Korzár, po něm na jaře Giselle a v listopadu Esmeralda. Až zase v prvních týdnech roku 1900 vytvořil Petipa čtyři kratší balety pro carskou rodinu, všechny uváděné v divadle Ermitáže v Zimním paláci. Prvním byl v lednu Les Ruses d’amour s hudbou Alexandra Glazunova, zajímavostí bylo, že vedle Pieriny Legnani v něm vystupovaly tři Petipovy dcery – Marie, Ljuba a Naděžda. V únoru následovaly Les Saisons(hudba Glazunov), Les Millions d’Arléquin (Harlequinade) na hudbu Driga, tento balet byl záhy přenesen do Mariinského divadla, a Les Élèves de Dupré (hudba Drigo). První rok nového století završil Petipa v prosinci velkolepou obnovou baletu La Bayadère, kde v Království stínů zvýšil počet baletek „stínů“ na dnes neuvěřitelné číslo osmačtyřicet.
Začátek století se ale pomalu stával i začátkem konce nyní třiaosmdesátiletého prvního baletního mistra. Vedle ubývání fyzických sil Petipu pronásledovaly různé intriky. Na jaře 1901 opustila St. Petersburg Pierina Legnani, nesnášející již dále intriky od Kšesinské. Ředitel carských divadel princ Volkonský se ještě stavěl k Petipovi příznivě, ale když byl na podzim 1901 po dalších intrikách vystřídán plukovníkem Teljakovským, nastal pro Petipu definitivní soumrak. Teljakovský se stavěl ke starému choreografovi kriticky, protěžoval nové lidi a Petipovi cíleně ztěžoval práci. Dokonce povolal z Moskvy Alexandra Gorského, aby v Mariinském divadle inscenoval svou verzi Dona Quijota, což Petipa nesl velmi těžce. V roce 1902 nastudoval Petipa již jen jedno nové dílo, v únoru kratší balet Le Coeur de la Marquise, na hudbu Ernsta Guirauda v divadle Ermitáže. Na podzim 1902 začal Petipa připravovat další balet na motivy pohádky o Sněhurce a sedmi trpaslících s hudbou Arsenije Koresčenka. Teljakovsky ale vnutil Petipovi moderní scénu a výsledek se logicky dostavil. Balet Le Miroir magique s premiérou v únoru 1903 nebyl obecenstvem jako celek úspěšně přijat, i když choreografie byla hodnocena velmi kladně a Petipa se dočkal ovací. V dubnu 1903 Petipa ještě podruhé obnovil svého Le Roi Candaule a na podzim počtvrté Giselle, tentokrát s mladou Annou Pavlovou. Velmi si cenil, jak Pavlova dokázala vyjádřit postavu Giselle.
Na podzim 1903 připravoval Petipa nový balet pod názvem La Romance d’un Bouton de rose et d’un Papillon. Hudbu skládal Riccardo Drigo, premiéra se chystala na 5. února (dle ruského kalendáře 23. ledna) 1904 (primabalerína Olga Preobraženská později označila neuskutečněný balet za mistrovské dílo). Teljakovsky ale využil vypuknutí rusko-japonské války jako záminku k odstranění pětaosmdesátiletého nestora baletu. Premiéru zrušil, Petipu tím silně urazil a přiměl k rezignaci. Petipa dostal roční penzi 9.000 rublů a stáhl se do ústraní. Kvůli chybějícím fyzickým silám nemohl již přijmout nabídku přijet do Paříže a inscenovat tam Faraónovu dceru. Do roku 1907 žil v St. Petersburgu, pak se přestěhoval za lepším klimatem do Gurzufu na Krymu. Tam ve věku třiadevadesáti let zemřel 14. července (dle ruského kalendáře 1. července) 1910, jeho ostatky byly rychle převezeny do St. Petersburgu a o tři dny později uloženy k věčnému odpočinku na hřbitově chrámu Alexandra Něvského.
(pokračování)